В Zotero нет механики для создания избранных коллекций. Однако никто не мешает эту механику придумать самому.
Если добавить в начало названия коллекции +, то в поиске можно будет довольно быстро фильтровать такие коллекции:
При импорте источников в Obsidian + будет исключен.