Обновление делается обычной заменой файлов.

Алгоритм:

  1. Зайдите на облако, где лежит хранилище
  2. Перейдите в папку patches
  3. Скачайте архив 3.1.0 и распакуйте его
  4. Полученные файлы перенесите в корень своего хранилища с заменой файлов

Также удалите вручную из хранилища плагин Breadcrumbs, так как он больше не используется.